1277(1861) yılında Ankara'da dünyaya gelen Mehmet Rifat Efendi iyi bir eğitim aldıktan sonra Osmanlı Devleti'nde müderrislik yapmış istinâf mahkemesi üyesi olarak ve Ankara Müftülüğü görevi yaparak dördüncü rütbeden "Osmanlı Nişanı" ile ödüllendirilmiştir. Müftülük görevini sürdürürken Milli Mücadele'yi benimsemiş Mustafa Kemal Paşa ve Hey'et-i Temsilliye'nin Ankara'ya gelişiyle birlikte resmen Milli Mücadele'ye katılmıştır. Hey'et-i Temsilliye'yi Ankara'da karşılayarak maddi ve manevi önemli katkıları olmuştur.

Mehmet Rifat Efendi İstanbul Hükümeti'nin fetvâsına karşı fetvâ vererek Milli Mücadele'nin meşruluğunu savunarak milletin birleşmesinde önemli ölçüde rolü olmuştur.

Ankara'da Kuvay-ı Milliye'nin kurulmasına öncülük etmiş Müdâfaa-i Hukuk Cemiyeti'ni kurarak başkanlığını yapmış ve Mustafa Kemal Paşa'nın takdirini kazanmıştır. İlk Türkiye Büyük Millet Meclisi seçimlerinde en çok oyu alarak Menteşe (Muğla) mebusu seçilmiştir.

Mehmet Rifat Efendi kısa bir dönem mebusluk yaptıktan sonra kendi isteği ile Ankara Müftülüğü görevine dönmüştür. Yayınladığı fetvâyla Anadolu'da iç isyanları bastırılmasında din adamı olarak görev üstelenmiştir. Bu fetvâ nedeniyle Osmanlı Hükümeti tarafından idama mahkûm edilmiştir. 1934'te Diyanet İşleri Reisliği'nin kurulması ile Mehmet Rifat Efendi'nin ilmi bilgileri din uzmanlığı ve Milli Mücadele'ye olan önemli katkıları nedeniyle ilk Diyanet İşleri Reisliği'ne atanmıştır.
Cumhuriyet döneminde aydın kişiliği ve yapılan inkılâplara destek vererek takdir toplamış özellikle dini ve milli hasiyetleri birleştirmede etkili olmuştur. Anadolu'da milli birliğin oluşmasına katkı sağlamıştır. Mehmet Rifat Efendi bu özelliklerden dolayı yaş süresinin dolmasına karşın görev süresi kesintisiz uzatılmış ve 1941'deki vefatına kadar Diyanet İşleri Reisliği görevini sürdürmüştür.