Şekerlemeler yüksek sıcaklıkta pişirildiği için mikrobiyolojik açıdan oldukça sağlıklıdır. Özellikle sert şekerlerde nem oranı % 3'ü geçmez. Nem oranını düşük olması ortamda üremeye elverişli mikroorganizmaların üreme riskini azaltır. Şekerlemede kontaminasyon pişirmeden sonraki aşamalar da ve saklama koşullarında olacaktır. Bunun için kullanılan alet-ekipmanlar kalıplar taşıma bantları ambalaj malzemeleri çalışan personelin mikrobiyal yükü önemlidir.
Temizlik ve dezenfeksiyonun yeterli yapıldığını personelin hijyen koşullarına uygunluğunu ambalaj malzemelerinden ve ortam havasından numuneler alarak mikrobiyal yük kontrol altında tutulmalıdır.