En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında iki kardeş olan Edward ve AlphonseElricten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir.Edward artık bir hükûmet ajanıdır ve askerî bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir. Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya âdeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşını ele geçirmeye çabalayan düşmanları kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.

Bir simya laboratuvarında sıkışıp kalan ve yaralanan Edward Elric düşmanları Lust ve Envynin eline düşer. Ancak onlar Edwardın ölmesini istemezler çünkü onunla ilgili başka planları vardır. Laboratuvar büyük bir patlamayla yerle bir olurken Elric kardeşler de kendilerini merkezde bulurlar Felsefe Taşı ile ilgili olarak ellerinde yalnızca ordu içinde çok sayıda kişinin bu işe karışmış olabileceğinin ipuçları vardır. Bu olayı araştırmaya başlayan Albay MaesHughes ise şok edici bir sırra ulaşır.