Bir cerrahın oğlu olan Flaubert küçük yaşlardan başlayarak aile içinde bir sevgi ortamında büyüdü. Okul çağında kendi yeteneğinin farkındaydı ama bu sezgisi dışa karşı hep utangaç ve içedönük bir genç olarak tanınmasnı engellemedi. Sekiz yıl gittiği Rouen Cimnasyum'unda hep yanlış anlaşıldığına ve insanlarca aldatılıp durduğuna inandı. Flaubert küçük yaşlarda tembel ve dalgacı tanındıysa da sonra birdenbire büyük bir atılımla çalışmaya koyuldu dokuz yaşında tiyatro oyunları yazmaya başladı onbirinde Cimnasyum'un altıncı sınıfına ulaştı. Yaşam boyu taşıyacağı aşağılık kompleksine karşın olağanüstü bir öğrenci olarak tanındı. Büyük ilgisi edebiyat ve tarih dersleriydi. İlk
denemelerini Le Colibri (Sinek kuşu) adlı okul gazetesinde yayımladı.Tüm
sınavları verip olgunluk dönemine ulaşan Flaubert hukuk öğrenimini seçti. Hukuk Fakültesi'ne yazıldı (1840) ancak ağır bir hastalıkk sonucu kısa bir süre sonra bırakarak Paris'ten ayrıldı Croisset'ye yerleşti kendini tümüyle yazarlığa adadı.

Tüm yaşamım Croisset'deki evinde geçiren Flaubert birer yıl arayla babasının (1845) ve kızkardeşini (1846) kaybetti. Yoğun bir çalışmaya giren yazar bu arada birçok ülkeyi gezme inceleme olanağını buldu. 1845'te İtalya'yı 1847'de Bretagne ve Normandiya'yı 1849 Ekimi ile 1851 Mayısı arasında Mısır'ı 1849'da Türkiye'yi 1858'de Cezayir ve Tunus'u gördü. Fransa'nın toplumsal ve siyasal tarihini yirmi yıl süresince inceledi.

Yaşamında iki kez düş kırıklığı yaşadı. İlki 1846'da tanıştığı şair Louise Colet ile olan beraberliğini 1855'te sona erdirmesiydi. Otuz dört yaşında Paris'e uğradığında doktorunun öğüdüne uyarak eğlenecekti. Macerasız yaşadığına inanmayan arkadaşı George Sand şu ters cevabı verecekti: "Sanat ile kadınlar arasında bir seçim yapmak gerek; ben seçtim seçeceğimi çoktandır."

Flaubert'i ikinci bir düş kırıklığına uğratan olay zengin olma hırsıyla yazdığı Aday adlı oyunun başarısızlığı oldu (1870). Oysa maddi sıkıntısı olmayan bir yaşamı vardı. Bu başarısızlığına sanki sevinerek yarım kalan yazı çalışmalarına döndü. Ve çok çalışan bir yazar oldu. O kadar ki "Yatağa yattığımda cümlelerim Romalıların yolları inleten atlı arabaları gibi çınlar durur kafamda" diyerek yirmi dört saatini edebiyata verdiğini dile getiriyordu.

Henri Guillemin'nin yazdıklarına göre mektuplarında çok duyguluydu ama sözünü sakınmazdı boş vakti yoktu yaşlı annesini gezdirmekten hoşlanır yeğeni Caroline'i derse çalıştırmaktan kaçınmazdı. Dostluğa çok önem verirdi. George Sand İvan Turgenyev Emile Zola Guy de Maupassant görüştüğü yakın dostları oldu.