Madoka Kaname arkadaşı Sayaka Miki gibi ortaokula giden sıradan bir kızdır. Bir gün karşılarına kediye benzeyen Kyubey adında bir hayvan çıkar.
Kyubey onlara bir dileklerini gerçekleştirebileceğini söyler.
Ancak bunun karşılığında ise büyücü kız olup cadı denen varlıklara karşı savaşmaları gerekmektedir. Bu tekliften bir gün sonra Homura Akemi adında başka bir kız gelip Madoka'ya bu teklifi ne olursa olsun kabul etmemesini tembihler. Bölümler ilerledikçe çelişkiler büyüyecek ve ortaya çok daha korkunç ve karanlık gerçekler çıkacaktır.