Milli Mücadele'yi tehlikeye düşürenleri yargılamak için düşünülen ve kararlarına itiraz edilemeyen bir mahkeme niteliğinde olan İstiklal Mahkemelerinin baktığı suçlar vatana ihanet ayaklanma casusluk bozgunculuk ve aleyhte propaganda soygunculuk görevini kötüye kullanmak halka eziyet ve baskı asker ailesine saldırı Tekâlif-i Milliye'den mal kaçırmak cinayet düşman işgalinden yararlanıp kanunsuz hareketlerde bulunmak düşmana yardım ve işbirliği düşman ordusuna katılmak askerden firar etmek firar edenlere yardım ve yataklık etmekti.

Aldığı kararlarla pek çok kişi ceza aldı ve bu dönem tarihin sayfalarından gün yüzüne okuyacağınız eserle çıkarıldı.