Doğu Bilimleri Profesörü olan David Webb sadık bir eş ve iyi bir babadır. Yaşadığı bir kaza sonucu geçmişinde ne yaptığını ve kim olduğunu hatırlayamamaktadır.Bu arada eski bir CIA ajanı olan Conklin ile Dr. Panov Jason Bourne imzalı bir telgraf alırlar. İkisi de bir lunaparka çağrılmaktadır. Telgraf üzerine gittikleri lunaparkta işlenen bir cinayete tanık olmaları onları da kuşkuya düşürür. Çünkü Bourne'u yakından tanıyan adamlar onun bu cinayetle ilgisi olamayacağını bir profesör olarak farklı bir hayat sürdürdüğünü ve bu olayla Bourne isminin tekrar gündeme getirilmek istendiğini anlarlar. Bu işin altında başka biri vardır. Sonunda telgrafın Çakal adıyla tanınan ve Bourne'un can düşmanı olan Carlos tarafından gönderildiğini anlarlar. Bunun üzerine David Webb'e namı diğer Jason Bourne'a giderler. Çakal'ı tanıyan ve yüzünü gören tek kişi odur.Webb olanlardan Çakal'ın kendisiyle son bir hesaplaşmaya girmek istediğini anlar ve oyunu kuralına göre oynamaya karar verir.
Bu acımasız ve ölümcül hesaplaşmadan kimin sağ çıkacağı ise belli değildir...