2004 yılında İstanbul Arkeoloji Müzeleri kentin en önemli ulaşım projelerinden biri olan Marmaray Metro projeleri kapsamında Yenikapı'da büyük bir kurtarma kazısına başladı. İstanbul'un tarihinde ilk kez Bizans limanlarından birinde arkeolojik kazılar yapılıyordu. Kazılar başladığında kentin içine doğru uzanan Lykos (Bayrampaşa) Deresi'nin ağzına kurulmuş bu antik limanın bizlere neler sunacağı bilinmiyordu. Toplam 58.000 m2'nin üzerindeki kazı alanında ilk olarak Osmanlı izlerine rastlandı. Ardından günümüz deniz seviyesinden sadece 1 metre aşağıda Konstantinopolis'in en önemli ve antik dünyanın bilinen en büyük limanlarından birine Theodosius Limanı'na ulaşıldı.

Halen devam eden kazılarda kent yaşamına dair ipuçları sunan sayısız küçük buluntu ve mimari eser ortaya çıktı. Ayrıca ahşap ve halat parçalarına 2005 yılında da beklenmedik bir buluntuya bir gemi batığına rastlandı. Araştırma alanı genişletilirken 5. ve 11. yüzyıllar arasına tarihlenen toplam 37 gemi gün ışığına çıkarıldı. Buluntular arasında çok iyi korunmuş büyük ve küçük ticari gemiler ile bugüne kadar ilk kez rastlanan Orta ve Geç Bizans dönemine ait kürekli kadırgalar yer alıyor. Yenikapı batıkları bugün toplu olarak ele geçmiş en büyük tekne koleksiyonunu oluşturuyor.

Deniz seviyesinin 63 m. altında ise arkeologları yeni bir sürpriz bekliyordu: İstanbul'un en eski yerleşik topluluğu. Günümüzden 8000 yıl öncesine tarihlenen bu Neolitik yerleşim İstanbul'un tarih yazımını değiştirecek nitelikteydi. Bunun birkaç metre altında ise binlerce yıl önce burada yaşamış ilk İstanbulluların ayak izlerine ulaşıldı.

Kesintisiz devam eden kazılar onuncu yılına girerken artık bu kente dair birçok yeni bilgiye sahibiz. Yenikapı'dan çıkan buluntular ve bilimsel araştırmalar ışığında oluşturulan bu sergi hem kentin ilk sakinlerinden bugüne uzanan bir kesit sunuyor hem de kargoları ile bulunan dört batık üzerinden Konstantinopolis'in ticaret denizcilik gemi inşa teknolojisi ve günlük hayatına dair çok boyutlu bir bakış sağlıyor.