Simya: Doğayı değiştirip şekillendirmeye yarayan esrarengiz güç; âdeta büyü sanat ve bilimin bileşimi.
En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında iki kardeş olan Edward ve Alphonse Elric'ten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir.

Edward artık bir hükûmet ajanıdır ve askerî bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir.

Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya âdeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşı'nı ele geçirmeye çabalayan düşmanları kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.

Al ve Ed albayları Colonel Mustang'e rapor vermek üzere doğu cephesi karargâhına geri dönerler. Mustang bu iki kardeşi biyo kimyayla yakından ilgilenen ve farklı genetiklere sahip organizmaları birleştirerek kaymeraları yaratan Shou Tucker ile bir araya getirir. Al ve Ed Tucker'ın onları yeniden eski bedenleriyle kavuşturacağına inanırlar. Diğer yandan intikam peşindeki "Scar" devlet simyacılarının peşindedir ve yakaladığı simyacıları dehşet verici bir biçimde öldürmektedir. Bu adam dokunduğu anda simyacıları âdeta paramparça etmektedir ve Scar şimdi Ed'in de peşindedir...