En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında iki kardeş olan Edward ve AlphonseElric'ten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir.Edward artık bir hükûmet ajanıdır ve askerî bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir.

Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya âdeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşı'nı ele geçirmeye çabalayan düşmanları kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.

Ed Al ve Winry Merkez Komutanlığına dönerler ama ne yazık ki Çelik Simyacı ve arkadaşlarını burada kötü haberler beklemektedir. Yarbay MaesHughes öldürülmüş ve Teğmen Maria Ross baş şüpheli olarak tutuklanmıştır. Maria kaderine boyun eğmiş vaziyette hapiste beklerken seri katil Kasap Berry'nin ruhunu taşıyan metal zırh onu hapishaneden kaçırır. Şimdi gizemli homunculusunplanladıkları korkunç komploları ortaya çıkmadan bu meseleyi halletmesi gerekmektedir. Ne var kiMaesHughes'un en iyi arkadaşı Albay Mustang için bu gerçeğin ortaya çıkması değil bir intikam meselesidir.