Tufan öncesi uygarlıkların ve Tufan öncesi inanç biçimi olan Ezoterizm öğretisinin Tufan sonrasında yeni bir uygarlık başlatan topluluklara nasıl yansıdığı ikinci cildin başlıca konusu olmuştur. Ansiklopedide ele alınan tüm kadim uygarlıklar ve bunların ortaya koyduğu inanç biçimleri büyük bir ağırlıkla Tufan öncesinden kök almakta ve Ezoterizm inancının izlerini taşımaktadırlar. Çalışmada araştırmacıların birçoğunun açıklamakta zorlandıkları gizemlere tufan öncesi bağlantılar sayesinde akılcı izahlar getirilmesi mümkün olmuştur. Örneğin Sümerlerin nereden geldikleri kendi köklerini dayandırdıkları efsane ülke Dilmun'un neresi olduğu aksi ispatlanamayacak biçimde izah edilmiştir.
Ancak tüm bu Tufan sonrası uygarlıkları ateşten uzaklaşan kıvılcımların yok olmaları gibi dayandıkları Bilgi ve Uygarlık Merkezleri suların altında kaldığı için giderek uygarlık nimetlerinden yoksun kalmış ve kaçınılmaz bir gerileme çağı yaşamışlardır. Önce tüm bu siklet merkezlerinde Tek Tanrı inancı yavaş yavaş kaybolmuş yerini Tek Tanrının birer sembolü olan cisimlerin örneğin Güneş'in tanrılaştırılması almıştır. Böylece her yerde aynı anda nasıl ortaya çıktığı günümüz bilimince izah edilemeyen global bir Güneş Kültü doğmuştur. Güneş Kültü de zamanla çok tanrılı dinlere doğru gerilemiştir.
Ancak bu süreçte Ezoterizm inancı ve Tek Tanrıcılık dünyanın hiçbir noktasında yok olmamış sadece yer altına inmiştir. Bu inanca sahip ekollere bağlı olan inisiyeler kendilerini çok tanrıcı dinlerin rahipleri gibi göstererek inançlarını muhafaza etmeyi başarmışlardır. Bu inisiyelerden birisi olan Musa ile Tek Tanrı inancı farklı bir anlatım tarzıyla olsa dahi tüm dünyaya yeniden yayılmaya başlamıştır. 
Türklerin Tufan öncesine dayanan inanç biçimi olan Gök Tanrı dini günümüz Sünni Müslüman araştırmacılarınca savunulduğu gibi bir çok tanrılı din inancı mıdır yoksa bir Tek Tanrı inancı mıdır? Bugün İslami referanslarla anılan Şehitlik (Vatan uğruna hayatını feda etme) Ailenin namus ve şerefini kendi namus ve şerefinin dahi ötesinde tutma gibi kavramlar hakikaten İslamiyet ile birlikte mi Türklerin hayatına girmiştir yoksa binlerce yıldır zaten uyguna gelen gelenekler midir? Şamanizm yok edilmesi gereken bir büyücülük türü müdür? Atalar Kültü Kutsal Dağ Yer ve Göğün Ruhları kavramları nelerdir? Bugün bazı Emperyal Örgüt olduğu iddia edilen yapılanmaların sembolü olarak görülen "Üçgen İçinde Göz" sembolü aslında kadim bir Türk sembolüdür. Bugün Çift Başlı Kartal'ın da bir kadim Türk sembolü olduğunu unutturmaya çalışan zihniyet Üçgen İçinde Göz'ü de Türk düşmanı ilan etme sevdasındadır. Oğuzların ataları olan Oksusların uygarlığının Orta Asya'da MÖ 8 binlerde yaşadığı bugün hiç anlatılmamakta gözden saklanmaktadır. Kadim köklerimizle ilgili tüm bu Ezoterik izleri çalışma içinde bulacaksınız.
MÖ 6 binlerde uygarlığın ilk kurucuları olduğu savunulan Sümerler kimlerdir? Sümer kültürü ile Türk kültürleri Sümerce ile Türkçe arasındaki bağlar bize her iki ulusun aslında akraba olduklarını göstermektedir. İkinci ciltte ayrıca Sümerlerin Tufan öncesi uygarlık ile olan bağları da açıkça ortaya serilmektedir. Sümerler Tufan öncesinde yaşayan Uygur İmparatorluğunun bir halkıdır.  
Anadolu'nun en eski yerleşik halklarından olan Luviler kimlerdir? Anadolu'ya Atlantis'ten mi gelmişlerdir? Tufan sonrasında rahiplerini "Mason" olarak isimlendiren ilk halk MÖ 8 binden beri Anadolu'da yaşayan Luvilerdir. Mason kelimesinin kökeninde Ana Tanrıça Ma'nın Çocukları kelimeleri yatmaktadır. Tıpkı Ezoterizm kelimesi gibi Mason kelimesi de Anadolu'dan tüm dünyaya yayılmıştır. Homeros'un İlyada destanında Yunanlılarla savaştıklarını söylediği Turuvalılar aslında Luvilerdir. Luviler Güneydoğu Anadolu'ya kadar yayılarak Saabi inançlarını derinden etkilemiştir. Tüm semavi dinlerin atası kabul edilen İbrahim bir Saabi'dir. Yahudi Leviler ile Luviler akrabadır.
Atlantis'in etkilediği tek eski çağ uygarlığı Luviler değildir. Mısır medeniyetinin kurucusu da Atlantislilerdir. Mısır'ın kurucusu Hermes bir Atlantislidir. Akdeniz kıyısındaki Atlantis kolonisi MÖ 5 binlerde Kızıldeniz kıyısında kurulan Mu kolonisine yenilmiş ve ortaya çok tanrılı Mısır dini çıkmıştır. Bu çok tanrılı yapıya direnen Hermetik öğreti ve Mısır Ezoterizmi gözden geçirilen en önemli konulardandır.
Bir diğer önemli inceleme noktası Tufan öncesi Uygur İmparatorluğunun bir parçası olan Yunan uygarlığının Mısır Ezoterizminden etkilenmesi ve batı dünyasını şekillendiren Pisagor ve Platon gibi düşünürlerin gerçekte Mısır inisiasyonundan geçmiş birer Ezoterizm yanlısı olmalarıdır. Yunan medeniyeti büyük ölçüde Uygur Ezoterizmi ile Mısır Ezoterizminin bir ortak ürünüdür. Bunun izlerini Yunan mitolojisinde görmek mümkündür. Örneğin Yunan Ana Tanrıçası Hera'nın Poseidon ile olan savaşı aslında bir Mu-Atlantis savaşıdır. Platon Yunan kuvvetlerinin Atlantis'i işgal ettiklerini söylemektedir. Tufan öncesi bu olaylar Yunan uygarlığına mitolojik efsaneler olarak geçmiştir.