Doğa Tarihi Müzesinden Profesör Aronnax'tan ticaret yollarını tehdit eden deniz canavarının yakalanması için düzenlenen bir sefere katılması istenir. Uşağı ile birlikte gemiye binen profesör yaşanan talihsiz bir kaza sonucu deniz canavarıyla tanışır. Bu canavar muhteşem denizaltı Nautilus'tan başkası değildir.
Profesör ve arkadaşları Kaptan Nemo sayesinde kimsenin bilmeye cesaret edemediği denizin derinliklerinin gizemli dünyasını keşfedeceklerdir.