Alita Makaku'ya karşı çetin savaşın ardından Yugo adında bir gençle tanışır. Bu gençle beklenmedik bir şekilde anlaşan Alita hayatında hiç tatmadığı duyguları tatmaya başlayacaktır. Bu sırada sayborgların omurgalarını çalıp satan bir çete ortaya çıkar. Zapan adlı kelle avcısı ise intikam arzusuyla kafayı Alita'ya takmıştır. Hiç istemediği halde kendini yine art arda gelen sürprizlerin ortasında bulan Alita bir yandan Zapan'la uğraşırken bir yandan da tanıştığı gizemli gencin geçmişte neler yaşadığını öğrenmeye çalışır.