Saraydaki Mesih bin yıllardır Yahudiler tarafından beklenen kurtarıcı olduğunu iddia eden ve peygamberi Nathan'la bunun propagandasını yapan Sabatay Sevi'nin Osmanlı sultanı Avcı Mehmet'i hedef almasından sonra canını kurtarmak için dönmeliği seçtiği saraydaki günlerini ve saraydaki insanların bu beklenmedik misafirle değişen hayatlarını anlatıyor.
Mesih'le beraber fahişeliğin kadını olarak bilinen karısı Sera da saraya Fatma Hanım olarak gelmiş fettanlığını kullanarak Mesih'in davasına yardımcı olmaktadır. Fakat medrese hocası devşirme Silahtar Ahmet Ağa'yla aralarında başlayan aşk saraydaki düzenli yaşamı bir anda altüst eder.
Sultanın akıl hocası Şeyhülislam Vani Efendi Bektaşi Şeyhi Niyaz-i Mısri ve Mesih'in aralarında başlayan dostluk sarayın dine bakışını değiştirecek ölçüde etkili olur. Bu arada Sadrazam Köprülü Fazıl Ahmet Paşa bu grupla şiddetli bir nüfuz savaşına girer.
Edirne Valisi Kuru Ahmet Paşa Mesih'in sakladığı sırrını öğrenmek için Mesih'e ve Sera'ya şantaj yapmaktadır.

Tüm bunların uzağında olmak isteyen sultanın av ve harem maceraları devşirme Hureyye'nin özgürlük mücadelesi Sera ve Silahtar'ın hazin aşkları sürerken sarayda ardı arkası kesilmeyen entrikaların sonunda Mesih'i ve çevresindeki herkesi şaşırtıcı sonlar beklemektedir.
Sabatay Sevi'nin gerçek yaşam öyküsünden yola çıkılarak yazılan "Saraydaki Mesih" bildiklerimizin ve geçmişin bize sunduklarının hiç de anlatılanlar gibi olmadığını gösteren ibretli bir 'geçmiş zaman' romanı...