İlk macerasında doğanın kirlendiğini ve bu yüzden hastalığın yayıldığını keşfeden Küçük Mikrop Zuzu yeni macerasında doğanın neden kirlendiğini araştırmaya karar verir. Yeni dostlar edindiği macerasında dostlarının başından geçen hikayeleri dinler.

Küçük Mikrop Zuzu çevre kirliliğini araştırırken gezindiği ormanlık alanda bir sürpriz ile karşılaşır ve doğanın nasıl korunabileceğini bu sürpriz misafirden öğrenir. Günün sonunda bir mucize olur ve kendini Yunus Dophi ile tanıştığı yerde bulur.