Bizans'ı günümüze kadar uzanan ekümeniklik iddiası ve Rum Ortodoks Kilisesi'ne dahil etmek için yapmış olduğu baskı ve zulümler nedeniyle İstanbul'da yerleşik Ermeniler için yüksek bir ruhani merkez oluşmamıştır. Fatih Sultan Mehmet'in İstanbul'u fethiyle İslam medeniyetine dahil olan Ermeni Başpiskoposluğu Kudüs Patrikliği'nde olduğu gibi İslam'ın müsamahası ve zımmileri idari sistemi gereğiyle sivil yetkileri de içeren bir patriklik haline gelmiştir.