"Patrikhane açılışından önce Yunanistan'dan gelen Rumlar heyetler halinde önce Ayasofya'yı ziyaret eder ve birlikte dua ederler. Sonra heyetten Atina Üniversitesi Rektörü Statopulus'a: "Neden önce Ayasofya'yı ziyaret ettiniz?" diye sorulur.Rektör- Bir Yunanlı için Ayasofya Patrikhane'den daha önemlidir! - Burası bir müzedir. Müslümanlar dahi burada ibadet yapamıyor. Siz rahatlıkla yapıyorsunuz ama kanunlar buna izin vermiyor. Yani ibadet etmek yasak. Siz nasıl yapıyorsunuz?Rektör: Ayasofya sizin için müze olarak kullanılıyor olabilir ama bizim için sonsuza kadar kilisedir..."

İstanbul Fener Rum Patrikhanesi Mondros mütarekesinden sonra İtilaf kuvvetlerine hitap eden bir beyanname yayınlayarak Türk vatanın işgal edilmesini istemişti. 1 Eylül 1918'de yayınladığı bir başka beyanname ile Yunan Ordusu'nun Türklere karşı kazandığı zaferlerini överek yerli Rumların filen Yunan ordusuna katılmasını emretmiştir. Mütareke yıllarında Patrikhane aldığı bir kararla Türk topraklarındaki Rum okullarında Türkçe ders okutulmasını yasaklamıştır.

Amerika Dışişleri Bakanlığı Patrik Bartholomeos'u küresel çapta bir dini lider olarak gördüğünü açıkladı. Bakanlığı'nın 2005 Aralık ayında yaptığı basın toplantısında bir gazeteci ABD Dışişleri Bakanlığı sözcüsüne Amerika'nın İstanbul'daki Fener Rum Patriği'yle ilgili politikasını sordu. Bakanlık tarafından daha sonra yapılan yazılı açıklamada Amerika'nın Türkiye'de din özgürlüğünü çok ciddiye aldığı belirtiliyor ve bu yılki Uluslararası Din Özgürlüğü raporunun Türkiye bölümünde bazı sorunlara değinildiği hatırlatılıyor. Yazılı açıklamada sorunlar arasında Heybeliada Ruhban Okulu ve dini azınlıklarla ilgili konuların da bulunduğuna dikkat çekiliyor.